1. Eselon Pimpinan
- Komandan Kodim (Dandim): Bertanggung jawab atas keseluruhan pelaksanaan tugas Kodim.
- Kepala Staf Kodim (Kasdim): Membantu Dandim dalam mengoordinasikan kegiatan staf dan pelaksanaan tugas harian.
2. Eselon Pembantu Pimpinan
- Perwira Seksi Intelijen (Pasi Intel): Mengelola kegiatan intelijen dan pengamanan.
- Perwira Seksi Operasi (Pasi Ops): Bertanggung jawab atas perencanaan dan pelaksanaan operasi.
- Perwira Seksi Personel (Pasi Pers): Mengelola administrasi dan pembinaan personel.
- Perwira Seksi Logistik (Pasi Log): Mengatur kebutuhan logistik dan perbekalan.
- Perwira Seksi Teritorial (Pasi Ter): Mengelola kegiatan pembinaan teritorial dan kemasyarakatan.
- Perwira Penghubung (Pabung): Menjalin koordinasi dengan pemerintah daerah di wilayah yang tidak terdapat markas Kodim.
3. Eselon Pelayanan
- Kepala Pok Tuud (Kapok Tuud): Bertanggung jawab atas tata usaha dan urusan dalam Kodim.
4. Eselon Pelaksana
- Komandan Unit Intelijen (Danunit Intel): Melaksanakan kegiatan intelijen di wilayah Kodim.
- Komandan Rayon Militer (Danramil): Memimpin Koramil yang berada di bawah Kodim 0402/OKI-OI.
Struktur organisasi ini memungkinkan Kodim 0402/OKI-OI untuk menjalankan fungsi-fungsi penting seperti pembinaan teritorial, operasi militer selain perang, serta mendukung pembangunan dan stabilitas di wilayah OKI dan OI.